ในญี่ปุ่นสมัยใหม่ หลังจากพยายามจะฆ่าเขา อิตโตกิ ซาคารูบาก็รู้ว่าเขาเป็นทายาทสายตรงและทายาทโดยชอบธรรมของเผ่านินจาอิงะ แม่ของเขาส่งเขาไปที่โรงเรียนนินจา Ninjutsu Gakuen ซึ่งเป็นโรงเรียนสอนนินจาแห่งชาติเพียงแห่งเดียวในญี่ปุ่น เพื่อศึกษาและฝึกฝนในฐานะนินจาในขณะที่กำลังสืบสวนเพื่อค้นหาว่าใครกำลังพยายามจะฆ่าเขาและทำไม ที่โรงเรียน อิตโตกิต้องเข้าไปพัวพันกับเพื่อนร่วมชั้นคนใหม่ ซึ่งรวมถึงสาวนินจาสาวสวยแต่ร้ายกาจ แต่ก็มีอันตรายอยู่เสมอ…โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อมีผู้ต้องสงสัยคนทรยศในโรงเรียน

เรื่อราวของ อิตโตกิ ซากุระบะ เป็นเด็กธรรมดา แต่วันหนึ่งได้มีนินจา โคกะ พยายามจะปลิดชีพเขา ปรากฎว่า อิตโตกิ เป็นผู้สืบทอดที่ถูกต้องตามกฎหมายคนที่ 19 ของนินจาอิงะ อิกะ และ โคกะ เป็นคู่กัดกันมานานแล้ว และตอนนี้ โคกะ กำลังพยายามทำลาย Iga สำหรับตอนนี้ ทางเดียวที่อิตโตกิจะอยู่รอด… ก็คือการเป็นนินจาด้วยตัวเขาเอง

แหล่งที่มา: Shinobi no Ittoki